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我国成功构建综合植物miRNA数据库

2019-10-16 16:31:09 来源.:中国食品报网
【北京市农林科学院杨效曾研究员课题组与北京大学生命科学院合作,近日通过对88种覆盖了从低等水生植物到高等被子植物中小分子RNA数据的深度挖掘,对这些植物中的miRNA进行系统鉴定、注释和分析,构建了迄今为止世界上最为综合全面的植物miRNA数据库——PmiREN。】

   本报讯 北京市农林科学院杨效曾研究员课题组与北京大学生命科学院合作,近日通过对88种覆盖了从低等水生植物到高等被子植物中小分子RNA数据的深度挖掘,对这些植物中的miRNA进行系统鉴定、注释和分析,构建了迄今为止世界上最为综合全面的植物miRNA数据库——PmiREN。该研究成果于近日被《核酸研究》期刊接收,北京大学博士研究生郭仲龙、匡正、博士后王颖和北京市农林科学院助理研究员赵永欣为共同第一作者,北京大学李磊教授和北京市农林科学院研究员杨效曾为共同通讯作者。
 
  miRNA是真核生物中广泛存在的一类非编码RNA,成熟的miRNA是仅有20—22个碱基的单链小分子RNA,跟蛋白质等大分子相比,分子量很小,是个“小个子”。从2002年第一批植物中的miRNA被发现以来,miRNA陆续被发现参与了植物中很多重要的功能,如生长、发育和对外界环境的刺激响应等。“目前植物学界普遍认为miRNA参与了几乎所有的植物生命过程,无处不在,是个‘大角色’。”杨效曾介绍。
 
  植物miRNA综合数据库——PmiREN有几大突出特点:一是拥有完整的miRNA信息,涵盖了从水生植物到被子植物共88个物种;二是首次发现了大量作物中特异的miRNA,新构建的数据库中第一次发现的miRNA达16000个,不少主要作物如玉米、水稻、小麦等是第一次发现的。这些小RNA潜在与重要的农艺性状相关,挖掘这些小RNA的功能,对改良作物农艺性状将具有重要的应用价值;三是通过综合的数据挖掘,获得了大量miRNA相关的信息,包括miRNA基因簇信息、表达信息、共线性分析结果、靶基因预测结果等,并进行了全面、详实、直观的信息呈现;四是提供了多种数据库检索和搜索的方式,同时用户可以方便地下载数据库中所有的数据。
 
  PmiREN数据库上线后,得到了国内外该研究领域的广泛关注。短短3个月,就接收了全球范围内超过20个国家150多个地区的访问。访问量超过56000次。杨效曾表示,该数据库的出现为系统研究植物miRNA的进化和寻找新miRNA的功能奠定了坚实的基础。
 
  (彭楠 赵永欣)




编辑:康思楠
 
 

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